Se graduó en estudios superiores en la superior de la Escuela de Medicina Tradicional de la Universidad de Lhasa en 1988, donde realizó su residencia de dos años tras completar el programa de formación de cinco años (1983-1990). Durante ese tiempo estudió con los Kenpos Troru Tsenam y Gyaltsen, dos de los doctores del Tíbet más conocidos, relacionados con el renacimiento de la medicina tibetana en el Tíbet de China. La Dra. Phuntsog Wangmo tuvo la oportunidad de ampliar su formación clínica con el Kenpo Troru Tsenam durante cuatro años. A continuación, se dedicó muchos años a trabajar como médico en el este del Tíbet, donde colaboró y dirigió la implementación de ASIA, la organización no gubernamental fundada por Chögyal Namkhai Norbu. Desde entonces, ha trabajado en nombre de ASIA y fundando hospitales y centros de formación en las regiones remotas de la provincia de Sichuan y la prefectura de Chamdo.
Desde 1996 hasta la actualidad, es la coordinadora de proyectos de ASIA en el Tíbet para el desarrollo del Hospital Gamthog en colaboración con personal ex patriado, y es también la coordinadora y médico de medicina tibetana que supervisa las actividades relacionadas con la salud en toda la región de alrededor de la Prefectura de Chamdo. Antes de 1996, trabajó como docente en la facultad del Instituto Shang Shung Italia donde impartió numerosos seminarios y conferencias sobre medicina tibetana. La Dra. Phuntsog es uno de los profesores más relevantes de la medicina tibetana de las regiones del Tíbet, incluyendo Amdo y U-tsang; se licenció y obtuvo un Máster en medicina por la Universidad del Tíbet, de la Región Autónoma del Tíbet.